En la región sur, los problemas estructurales son comunes a las demás regiones del país, aunque sus efectos varían dramáticamente. En la parte de costa los indicadores de competitividad, productividad, educación y salud son mejores que en la parte andina a pesar de que los ingresos y crecimiento económico de estas regiones han sido importantes en los últimos años. Y en la selva es mínima la participación del Gobierno central.

Problemas en infraestructura
Se han mejorado las carreteras de penetración interprovincial reduciendo el tiempo promedio de viaje, sin embargo, tenemos un serio retraso en infraestructura vial importante. La topografía en la parte andina hace que las carreteras sean de diseño inadecuado para el tránsito de vehículos pesados. En promedio, solo el 20% de la infraestructura vial está en buenas condiciones.
Ya comienzan las operaciones mineras importantes en Apurímac y Arequipa y la demanda de energía se multiplicará, pero no hay proyectos de generación de energía en el corto plazo. Las termoeléctricas que puedan instalarse deben esperar a que se termine el Gasoducto del Sur y la construcción de una planta de fraccionamiento cercana a Camisea, así como a las dos centrales hidroeléctricas que acompañan el proyecto de Majes-Siguas (Lluta y Lluclla) que tienen un horizonte de construcción y operación de una década al menos. Del mismo modo, el saneamiento básico es insuficiente, el acceso a agua potable en poblaciones rurales es escaso (inclusive en las áreas urbanas el servicio es restringido a pocas horas del día). La pérdida es alta y no se conocen proyectos importantes para solucionarlos.

Problemas de institucionalidad
Es común la ausencia del Estado en las regiones. Los gobiernos regionales y locales han dejado de lado las obras que impulsan el desarrollo de las regiones, como las de infraestructura o energía, para dispensar recursos sin un plan coherente y sin objetivos de largo plazo definidos. Esto se debe a la carencia de instituciones (incluyendo partidos políticos) con valores, políticas y objetivos definidos.

Informalidad
Los gobiernos locales no se ocupan de sus funciones. La informalidad está ganando espacio compitiendo deslealmente con las empresas debidamente constituidas, que son abusivamente fiscalizadas. Los informales hacen uso de los espacios públicos para operar, no cumplen con las regulaciones laborales y, por supuesto, no tributan; forzando a los empresarios formales a reducir su rentabilidad y, en muchos casos, llevándolos a la quiebra. Se llega a pensar en muchas ocasiones en que es mejor ser informal, pues la legislación que debe proteger a quienes la respetan no se aplica, es tierra de nadie.

Rol de las empresas privadas
La empresa privada debe advertir que las consecuencias de no afrontar estos problemas harán insostenibles las inversiones actuales y limitarán las inversiones futuras. Se debe tener en cuenta que, en la generación de bienestar para la sociedad, es el sector público el que promueve las condiciones (infraestructura, seguridad jurídica) para que el sector privado invierta y de esa manera se generen puestos de trabajo y consumo que, a su vez, se traducen en mayores impuestos y mayor gasto público.

Alto crecimiento pero poca transparencia
Instituto Peruano de Economía (IPE)
Esta región logró un crecimiento de 17.5% en el 2013 y superó a La Libertad como la tercera mayor economía regional. Sin embargo, se ubica en el undécimo lugar regional en cuanto a su competitividad.

Su principal fortaleza resulta el pilar entorno económico (7°), mientras que las principales debilidades están en los pilares salud (16°), educación (15°) e instituciones (14°).

Entorno económico. Cuenta con el tercer mayor presupuesto público per cápita anual (S/. 6,800) debido a las elevadas rentas del canon minero y gasífero.
Salud. Contrariamente, alcanza el penúltimo lugar en esperanza de vida (63.6 años) y antepenúltimo en mortalidad infantil (43 por cada mil nacidos vivos).
Educación. Logra bajos niveles de matrícula escolar primaria (62.0%) y alcanza una baja población con al menos educación secundaria (40.1%).

Instituciones. Cusco se ubica como la penúltima región en cuanto a transparencia en la rendición de cuentas públicas.

La región muestra un alto crecimiento económico sustentando por las principales actividades extractivas y turísticas; sin embargo, adolece de severas limitaciones relacionadas al capital humano y las instituciones.